En la comida de São Miguel dos Milagres hay elementos africanos e indígenas, y se utilizan productos típicos de la costa como el pescado y el coco
La cocina de São Miguel dos Milagres tiene como protagonista principal los mariscos, incluyendo pescados, crustáceos, moluscos, langosta, camarones y cangrejo. El platillo tradicional por excelencia es la moqueca, un guiso de pescado con vegetales que lleva leche de coco y aceite de palma. De igual forma, se prepara el acarajé, una especie de bollo hecho con masa de judías relleno de camarones que se acompaña del vatapá, una crema hecha con pan rallado o harina, jengibre, cacahuate, leche de coco; y el caruru, un guiso de camarones frescos y secos, castañas tostadas, cacahuates y ocras, una verdura de origen africano.
De herencia indígena, en São Miguel dos Milagres se consume yuca, con la cual se hace tapioca, una especie de pan con harina de este tubérculo; masa puba, que se elabora con yuca fermentada; yuca con carne seca; beiju, que también es un pan de yuca, y grude de goma, un dulce elaborado con coco rallado y almidón de yuca. Asimismo, se prepara cuscús de maíz; pamonhas, que son tamales de masa de maíz envueltos en la hoja de la mazorca, y se come arroz dulce y papa dulce.
Otros postres típicos en São Miguel dos Milagres son el flau de coco, que es helado de coco; pé de moleque, un dulce crujiente de azúcar y cacahuate, y canjica y munguzá, que son postres de maíz blanco con leche, muy parecidos al arroz con leche. En la región abundan las frutas tropicales como mango, sandía, piña, plátano, guanábana, grosella, castaña, acerola, cajá, entre otros, que son utilizados para jugos helados y dulces.
Para degustar las delicias del mar en São Miguel dos Milagres están los restaurantes Peixada da Julia, Luna Bar y Sol Café e Restaurante. Igualmente, No Quintal, Tibiro y Recanto da Mija-Della ofrecen comida típica brasileña.